Dublowanie faktur: w KSeF i poza nim stanowi spore utrudnienie dla nabywców. Następne wyzwanie to faktury z przełomu miesięcy, potrącenia VAT i sygnatury w JPK_VAT. Wyjaśniamy, jak sobie z tym poradzić.
Krajowy System e-Faktur został udostępniony dla sporej rzeszy firm 1 kwietnia, lecz wciąż otrzymują oni od swych dostawców faktury sporządzone w dotychczasowej formie, np. w wersji papierowej albo jako PDF. Generuje to kłopot z podwójnym fakturowaniem w KSeF i poza KSeF.
— Można zauważyć, że niektórzy przedsiębiorcy nie są pewni, które faktury powinny być umieszczone w KSeF, a których ten obowiązek nie obejmuje — zaznacza Monika Piątkowska, doradca podatkowy fillup k24 i e-pity.
Nierzadko faktury wystawione i przesłane kontrahentowi w marcu są następnie przesyłane do KSeF w kwietniu. Specjalistka dodaje, że pojawia się również sytuacja, w której osoba generująca fakturę na początku kwietnia przekazuje ją dotychczasową, klasyczną metodą, a po kilku dniach wprowadza ten sam dokument do KSeF. Wyjaśnia, co robić w takich sytuacjach.
Zuzanna Kwiatkowska, ekspert księgowo-podatkowy fillup k24, dodaje, że większość księgowych zakończyła już proces “wdrażania systemu”, a zaczęła po prostu konfrontować się z jego codziennymi skutkami i problemami. Objaśniamy, jak sobie z nimi poradzić.
Czytaj również: Jaki podatek od wiat i zadaszeń. “Sytuacja jest jeszcze gorsza niż w poprzednim roku”
Co z możliwością odzyskania VAT, jeżeli fakturę pozyskano poza KSeF?
Monika Piątkowska wyjaśnia, że jeśli firma otrzyma od swoich dostawców faktury sporządzone w dotychczasowej formie, np. w formie papierowej lub jako pdf, to wciąż przysługuje możliwość odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z tych faktur zakupowych (spoza KSeF).
Taką opinię potwierdza również urząd skarbowy w licznych interpretacjach (m.in. 0114-KDIP1-3.4012.88.2026.1.KAB z 24 marca 2026 r., 0113-KDIPT1-2.4012.1209.2025.1.PRP z 10 lutego 2026 r.).
Czytaj więcej: Otrzymałeś zwykłą fakturę, a powinieneś w KSeF? Zobacz, jak wygląda kwestia odliczenia
Jaka data otrzymania, w przypadku gdy fakturę uzyskano poza KSeF?
Monika Piątkowska objaśnia ponadto, że jeśli firma pozyskała fakturę zakupową spoza KSeF, za termin jej doręczenia przyjmuje się datę jej realnego otrzymania przez nabywcę.
Jeżeli jednak sprzedawca wygenerował fakturę w KSeF, to datą odbioru jest dzień przypisania jej numeru KSeF (art. 106na ust. 3 ustawy o VAT).
— Zatem, otrzymując fakturę spoza KSeF, nie ma przeszkód, by się nią posługiwać i odliczyć podatek VAT za okres, w którym została dostarczona (zgodnie z datą jej faktycznego otrzymania) — informuje Monika Piątkowska.
Analogicznie, jeżeli firma prześle nabywcy fakturę spoza KSeF, a potem wprowadzi jednak dokument do KSeF, zachowuje prawo do odliczenia z faktury uzyskanej poza systemem.
Czy konieczne jest korygowanie JPK_VAT, jeśli pozyskano fakturę spoza KSeF, a następnie sprzedawca przesłał ją do systemu?
— Firma w związku z ponownym otrzymaniem faktury w KSeF nie musi także korygować pliku JPK_V7M, który przesłała do urzędu skarbowego i w którym uwzględniła fakturę zakupową otrzymaną w formie papierowej lub elektronicznej (oznaczoną w JPK symbolem “BFK“) — tłumaczy Monika Piątkowska.
Takie stanowisko potwierdza dyrektor KIS m.in. w interpretacji z 30 marca 2026 r. (nr 0112-KDIL1-3.4012.67.2026.1.EO). Organ zaznaczył, że późniejsze udostępnienie faktury w KSeF dokumentującej to samo zdarzenie gospodarcze, które zostało wcześniej udokumentowane fakturą dostarczoną spółce poza KSeF w formie papierowej/elektronicznej i na tej podstawie wykazane w deklaracji VAT za ów okres, nie powinno skutkować koniecznością korekty deklaracji VAT za ten okres tylko po to, by wykazać numer identyfikujący fakturę w KSeF.
Co w sytuacji, gdy faktura zostanie wysłana do KSeF z opóźnieniem?
— Najbardziej dostrzegalna zmiana w KSeF odnosi się do braku “zachowania” daty wystawienia w znaczeniu, do którego przedsiębiorcy i księgowi byli przyzwyczajeni dotychczas — mówi Zuzanna Kwiatkowska.
Jak podkreśla, traci na znaczeniu moment wygenerowania dokumentu w systemie do fakturowania podatnika, a decydujący jest moment jego faktycznego przesłania do systemu KSeF. I tu pojawiają się realne trudności.
— W rzeczywistości obserwujemy sytuacje, w których faktury są generowane “na czas”, lecz ich wysyłka odbywa się kilka dni później, a czasem nawet w następnym miesiącu. Skutek jest taki, że moment wystawienia w rozumieniu podatkowym przesuwa się, co oddziałuje bezpośrednio na rozliczenie VAT, ale też na moment ujęcia kosztu u nabywcy. W odniesieniu do VAT naliczonego może to powodować opóźnienie prawa do odliczenia — twierdzi Zuzanna Kwiatkowska.
Wizualizacje faktur bez numeru KSeF. Czy to możliwe?
— Kolejnym praktycznym kłopotem, z którym zmagają się biura rachunkowe, są wizualizacje faktur wysyłane w PDF, często bez numeru KSeF — mówi Zuzanna Kwiatkowska.
W okresie przejściowym (przed 1 kwietnia) był to standard — klient przesyła kontrahentowi fakturę w formie PDF, kontrahent przekazuje ją do księgowości, a równolegle faktura trafia do KSeF. — Problem zaczyna się wtedy, gdy wizualizacja nie zawiera numeru KSeF — wyjaśnia ekspertka. Według fiskusa sprzedawca nie powinien udostępniać wizualizacji przed nadaniem jej numeru KSeF.
Jest to problem również dla księgowych. — Zdarza się, że tego typu dokument zostaje ujęty w ewidencji jako faktura “spoza systemu”, czyli oznaczony w JPK_V7 jako BFK (dla faktur, które nie muszą mieć formy ustrukturyzowanej), podczas gdy faktyczna faktura funkcjonuje w KSeF i powinna być wykazana z numerem systemowym. Jeśli księgowy nie posiada dostępu do KSeF klienta albo system nie jest zintegrowany, bardzo łatwo o pomyłkę. W ekstremalnych sytuacjach dochodzi do podwójnego ujęcia tej samej transakcji — raz na podstawie PDF bez numeru KSeF, drugi raz na podstawie faktury pobranej z systemu — dodaje Zuzanna Kwiatkowska.
Przy fakturach kosztowych — dodaje — oznacza to realne ryzyko zawyżenia kosztów i odliczenia VAT, czyli bezpośrednio uszczuplenia zobowiązania podatkowego. W praktyce coraz częściej słyszy się z biur rachunkowych, że kluczowe staje się nie tyle samo księgowanie dokumentów, ile ich identyfikacja i uzgodnienie z KSeF.
— Należy pamiętać, że jeśli fakturze nie został jeszcze przydzielony numer KSeF, sprzedawca ma możliwość wydać nabywcy potwierdzenie transakcji z dwoma kodami QR, które wskazują, że faktura zostanie wygenerowana w KSeF. Sprzedawca nie powinien zatem przekazywać wizualizacji bez numeru KSeF — potwierdza Zuzanna Kwiatkowska. Takie zdanie prezentuje bowiem dyrektor KIS w interpretacjach indywidualnych (np. z 3 kwietnia 2026 r., sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.1219.2025.2.MC).
Trudności z oznaczeniami faktur zagranicznych w JPK_VAT
Kolejna trudność dotyczy oznaczeń DI w JPK_V7.
— W przeciągu zaledwie dwóch miesięcy podejście organów uległo drastycznej zmianie — stwierdza Zuzanna Kwiatkowska.
Jeszcze w lutym urzędy skarbowe wskazywały, że dokumenty zagraniczne — dotyczące importu usług, WNT czy importu towarów — powinny być oznaczane jako DI, uzasadniając to tym, że nie są to faktury w rozumieniu ustawy o VAT. Wiele biur rachunkowych i podatników zastosowało się do tych wytycznych i tak oznaczyło transakcje w JPK za luty. Następnie w marcu podejście zostało zmienione i wskazano, że jeżeli podstawą odliczenia VAT jest faktura źródłowa, to właściwym oznaczeniem jest BFK, a DI należy stosować wyłącznie tam, gdzie nie ma faktury i rozliczenie następuje na podstawie dokumentu wewnętrznego (oznaczanego dodatkowo jako WEW). Ministerstwo Finansów zatwierdziło to nowe podejście, porządkując interpretację.
— Nie zmienia to faktu, że niektórzy podatnicy mają już przesłane pliki JPK z oznaczeniami DI, które według aktualnego stanowiska są nieprawidłowe — zauważa Zuzanna Kwiatkowska.
Autor: Łukasz Zalewski, dziennikarz działu Prawo, Business Insider Polska
Dziękujemy za przeczytanie naszego artykułu w całości. Bądź na bieżąco! Obserwuj nas w Google.